Hongkongin hallitusta johtaa hallintojohtaja (Chief Executive), joka käyttää ylintä valtaa Hongkongissa. Hallintojohtaja nimittää ministeriöille (bureaux) ja virastoille (department) päälliköt (secretary) ja Kiinan kansantasavallan valtioneuvosto hyväksyy nimitykset. Päälliköt tekevät oman toimialansa päätökset itsenäisesti tai tekevät esityksensä hallintojohtajalle. Vaikka hallintojohtajaa ja ministeriöiden ja virastojen päälliköitä kutsutaan Hongkongin hallitukseksi, hallitus ei muodosta yhtenäistä elintä, joka tekisi kollektiivisia päätöksiä. Hallitus on toimeenpanovaltainen eikä sitä ole muodostettu poliittisin perustein. Sen ei tarvitse nauttia parlamentin vaan Kiinan keskushallituksen luottamusta. Vuonna 2002 voimaan tulleen Principal Officials Accountability Systemin myötä päälliköt ovat olleet poliittisesti vastuussa hallintojohtajalle, mikä on lisännyt hallituksen toimeenpanojohtoisuutta. Hallitukseen kuuluu 15 päällikköä, jotka ovat:[1]
Kaikki hallituksen jäsenet ja heidän lisäkseen 16 muuta jäsentä muodostava ExCon, hallintojohtajan johtaman hallintoneuvoston. Hallintojohtajalla on velvollisuus konsultoida ExCoa keskeisissä päätöksissä. Mikäli hallintojohtaja tekee ExCon enemmistön tahdon vastaisen päätöksen, hänen on kirjattava päätöksestään selonteko neuvoston pöytäkirjaan. Hallintoneuvostolla on kollektiivinen vastuu tekemistään päätöksistä.[1]